לאחר שנים שהיו מוגנים מעולמם של בני האדם, צבי הנינג'ה מוכנים לכבוש את ליבם של תושבי ניו יורק ולהתקבל כבני נוער רגילים באמצעות מעשי גבורה. חברתם החדשה, אפריל אוניל, עוזרת להם להילחם מול ארגון פשע מסתורי, אולם במהרה העניינים יוצאים מכלל שליטה כאשר צבא של מוטנטים נשלח כדי להילחם בהם.
